O Instituto Eclesiásticos de Filosofia Sedes Sapientiae foi solenemente erigido no dia 17 de fevereiro de 2003 por S. Exª. Rev.ma D. Roberto Gomes Guimarães, então bispo diocesano de Campos.

Foi fundado com o objetivo de atender às exigências da Diocese quanto à formação intelectual dos seus futuros sacerdotes, sendo anexado, portanto, ao Seminário Diocesano Maria Imaculada.

Em 05 de abril de 2005 começaram os estudos para a implantação do Curso de Teologia, que foi inaugurado solenemente por S. Exª. Rev.ma D. Roberto Francisco Ferrería Paz, bispo de Campos, aos 11 de fevereiro de 2011. Desta forma foi fundado oficialmente Instituto Eclesiásticos de Filosofia e Teologia Sedes Sapientiae.

Atualmente os Instituto é dirigido por Pe. Murialdo Gasparet, que ocupa a função de diretor geral e do curso de Teologia, e Pe. Luciano Gomes da Silva diretor do curso de filosofia e diretor acadêmico.